Actualmente el Ermua Club Deportivo dispone de 12 equipos en futbol base a parte del Primer Equipo y del Tercera Territorial.

El Fútbol Base está compuesto por dos Juveniles, tres Cadetes, tres Infantiles, tres Alevines y un Benjamin.

La estructura completa queda definida de la siguiente manera:

Regional:

Regional A: 1ª Divis. Territorial

Regional B: 3ª Divis. Territorial

Juveniles

Juvenil A: Juvenil Liga Vasca

Juvenil B: Juvenil 2ª División

Cadetes

Cadete A: Cadete Preferente

Cadete B: Cadete 2ª División

Cadete C: Cadete 2ª División

Infantiles

Infantil 04 A: Liga A

Infantil 04 B: Liga B

Infantil 05: Liga B

Alevines

Alevin 06: Liga B

Alevin 07: Liga B

Alevin 06/07: Liga D

Benjamin

Benjamin 08: Liga B