Actualmente el Ermua Club Deportivo dispone de 12 equipos en futbol base a parte del Primer Equipo y del Tercera Territorial.
El Fútbol Base está compuesto por dos Juveniles, tres Cadetes, tres Infantiles, tres Alevines y un Benjamin.
La estructura completa queda definida de la siguiente manera:
Regional:
Regional A: 1ª Divis. Territorial
Regional B: 3ª Divis. Territorial
Juveniles
Juvenil B: Juvenil 2ª División
Cadetes
Infantiles
Alevines
Benjamin